Kegiatan Dakwah Buya Hamka sempat terhenti ketika ia dipaksa berpisah dengan keluarga dan para jamaah yang mencintainya. Rezim yang berkuasa saat itu menjebloskannya ke penjara selama dua tahun lebih.
Syafruddin Prawiranegara, seorang tokoh Masyumi yang pernah mendirikan Pemerintah Darurat Republik Indonesia (PDRI) di Sumatera Barat pernah menyatakan bahwa, "selama di penjara, Natsir, Prawoto, Sjahrir, Mochtar Lubis dan Buya Hamka di-strom agar mengaku berbuat yang tidak-tidak".
Bagi siapapun orangnya, berada dalam pendara tentu merupakan pengalaman yang tidak menyenangkan namun dengan lantang Buya Hamka justru menyatakan : "Penjara bukan sekedar tempat tahanan tetapi adalah Universitas Kedua".
